Abbiamo visto come nel sequenziamento a paired-end reads le reads ottenute a partire dalle due estremità dei frammenti della sequencing library non siano né complementari né sovrapponibili, ma restino separati da un tratto di sequenza di DNA dalla grandezza nota, definito in gergo inner mate distance. Nel sistema MiSeq di Illumina, tuttavia, la inner mate distance può essere negativa, poiché in questo sistema le paired-end reads possono sovrapporsi.
Infatti, tramite i kit Nextera è possibile produrre molti frammenti di grandezza inferiore a 500bp, mentre le reads possono superare le 250bp! È dunque chiaro che un sequenziamento con paired-end reads su MiSeq può dare reads parzialmente sovrapponibili, che coprono cioè l'intera lunghezza del frammento della sequencing library. Un sistema di questo tipo risulta particolarmente vantaggioso in fase di alignment, poiché, sfruttando la loro zona di sovrapposizione, le paired-end reads possono essere riassemblate a costruire una single read virtuale che copre la lunghezza dell'intero frammento. A titolo esemplificativo si veda anche la figura qui sotto (cliccare per ingrandire).
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| Figura 1: rappresentazione schematica della sovrapposizione fra paired-end reads R1 e R2 nel sistema MiSeq di Illumina. © 2016 Breda Genetics srl, tutti i diritti riservati. |
Per saperne di più: Libri e Pubblicazioni sulla Bionformatica (in italiano), Libri e Pubblicazioni sulla Bioinformatica (in inglese), Libri e Pubblicazioni sulla Next Generation Sequencing.
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