UCSC GENOME BIOINFORMATICS

Lo UCSC Genome Bioinformatics è un database creato e curato dalla University of California Santa Cruz (da cui il nome UCSC). UCSC contiene sequenze di genomi, trascritti e proteine. Alcune possono considerarsi sequenze di riferimento, mentre altre sono solo delle bozze. Le sequenze contenute nello UCSC possono anche corrispondere a sequenze contenute in altri database come quelli dell’NCBI (RefSeq, ad esempio). Per queste sequenze, UCSC fornisce una tabella che ne consente l’identificazione (la tabella è consultabile a questa pagina). Ad esempio, per quanto riguarda gli assembly dell’intero genoma umano, l’assembly hg18 corrisponde al NCBI build 36.1, mentre l’hg8 è un assemblato prodotto direttamente dallo UCSC (UCSC-assembled).

UCSC non è solo un database, ma un insieme di strumenti bioinformatici interattivi. Fra gli altri, UCSC fornisce infatti:

• Genome Browser, che consente di visualizzare geni o porzioni di cromosomi;

• Gene Sorter, che mostra informazioni sull’espressione genica e sull’omologia;

• Blat, che consente di mappare una sequenza nel genoma.

Per saperne di più:

• REFERENCE SEQUENCE, CONTIG, SCAFFOLD, ASSEMBLY, REFSEQ, ENSEMBL, UCSC: INTRODUZIONE A TERMINI E STRUMENTI BIOINFORMATICI
• RefSeq, IL DATATBASE DELLE SEQUENZE DI RIFERIMENTO
• GenBank E LA DIFFERENZA FRA GenBank E RefSeq
• ENSEMBL
• DDBJ: DNA DATABANK OF JAPAN
• LRG: LOCUS REFERENCE GENOMICS