Il chromatin immunoprecipitation (ChIP) è un metodo utilizzato per localizzare i punti di legame (binding) fra DNA e proteine. Poichè il legame fra DNA e proteine nel nucleo cellulare ha una funzione di regolazione dell'espressione genica, lo studio dell'interazione proteine-DNA può concorrere a far scoprire i passaggi cruciali della patogenesi di alcune malattie genetiche. Il ChIP-Seq (chromatin immunoprecipitation sequncing) è una metodica che sfrutta la Next Generation Sequencing per mappare i punti di legame delle proteine sul genoma.
Un tipico saggio ChIP comincia di solito con il trattamento delle cellule in formaldeide, la quale si lega alle proteine legate al DNA. Successivamente le cellule vengono lisate e la cromatina (ossia il DNA) viene poi rotto attraverso un processo di sonicazione in frammenti di dimensioni adatte all’immunoprecipitazione. La reazione di immunoprecipitazione viene fatta impiegando anticorpi che si legano alla proteina legata al DNA. I complessi DNA-proteina-anticorpo così precipitati vengono poi isolati tramite corsa su gel o con l’uso di magnetic beads. Dopo l'isolamento, i complessi DNA-proteina-anticorpo vengono trattati con il calore per poter separare il DNA dalle proteine. A questo punto si può procedere all’analisi del materiale tramite metodiche diverse come la qPCR o i microarray. La metodica più precisa sembra tuttavia essere quella del sequenziamento (ChIP-Seq, appunto), poiché questo consente l’identificazione più precisa e più accurata delle sequenze di DNA che si legano con le proteine.
Un tipico saggio ChIP comincia di solito con il trattamento delle cellule in formaldeide, la quale si lega alle proteine legate al DNA. Successivamente le cellule vengono lisate e la cromatina (ossia il DNA) viene poi rotto attraverso un processo di sonicazione in frammenti di dimensioni adatte all’immunoprecipitazione. La reazione di immunoprecipitazione viene fatta impiegando anticorpi che si legano alla proteina legata al DNA. I complessi DNA-proteina-anticorpo così precipitati vengono poi isolati tramite corsa su gel o con l’uso di magnetic beads. Dopo l'isolamento, i complessi DNA-proteina-anticorpo vengono trattati con il calore per poter separare il DNA dalle proteine. A questo punto si può procedere all’analisi del materiale tramite metodiche diverse come la qPCR o i microarray. La metodica più precisa sembra tuttavia essere quella del sequenziamento (ChIP-Seq, appunto), poiché questo consente l’identificazione più precisa e più accurata delle sequenze di DNA che si legano con le proteine.
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