SOLiD è il nome di una compagnia che fu acquisita da Applied Biosystems (AB) nel 2006 (analogamente a quanto accadde a 454, acquisita da Roche e a Solexia, acquisita da Illumina). SOLiD era (ed è) anche il nome del sequenziatore ed è un acronimo che sta per Sequencing Oligo Ligation Detection.
SOLiD è una piattaforma di Next Generation Sequencing (NGS). Se la tecnologia del 454 Roche è il pyrosequencing e quella di Illumina è sequencing by synthesis (SBS), la tecnologia di SOLiD è il ligation and two-base coding. Sulla cella di flusso (flowcell) di SOLiD la reazione di sequenziamento avviene tramite l’uso di sonde di ligazione (ligation-probes) della lunghezza di 8 bp, che includono un sito di legame (prima base), un sito di scissione (o clivaggio – quinta base), e quattro differenti coloranti fluorescenti (dye), legati all’ultima base. Il segnale fluorescente viene registrato durante il legame della sonda al filamento stampo e viene poi spento dal clivaggio delle ultime tre basi della sonda. Dopo cinque cicli di sequenziamento la sequenza del frammento può essere dedotta.
Grazie al metodo del two-base calling il sistema SOLiD presenta un’accuratezza molto evelata (99,99%), che è per ora superiore a quella di tutti gli altri sistemi NGS disponibili. La lunghezza delle reads resta tuttavia un limite maggiore (si riescono ad ottenere reads della lunghezza massima di 85bp, mentre con Roche 454 si può arrivare fino a 700 bp). L’output è di 30 Gb a corsa. Una corsa necessita 7 giorni e genera un ammontare di dati pari a 4 TB. Il sistema di analisi informatica dei dati non è affatto semplice poiché richiede un’attrezzatura notevole (addirittura è necessario un locale con aria condizionata) e l’impego di personale qualificato. Il sistema operativo più comunemente usato per l’analisi computazionale dei dati SOLiD è GNU/LINUX.
Secondo quanto riportato da Liu L. 2012 (PIMD: 22829749), il prezzo di un sistema SOLiDv4 si aggira attorno ai 495.000 USD, mentre il costo delle analisi sarebbe di circa 15.000 USD ogni 100 Gb.
SOLiD è una piattaforma di Next Generation Sequencing (NGS). Se la tecnologia del 454 Roche è il pyrosequencing e quella di Illumina è sequencing by synthesis (SBS), la tecnologia di SOLiD è il ligation and two-base coding. Sulla cella di flusso (flowcell) di SOLiD la reazione di sequenziamento avviene tramite l’uso di sonde di ligazione (ligation-probes) della lunghezza di 8 bp, che includono un sito di legame (prima base), un sito di scissione (o clivaggio – quinta base), e quattro differenti coloranti fluorescenti (dye), legati all’ultima base. Il segnale fluorescente viene registrato durante il legame della sonda al filamento stampo e viene poi spento dal clivaggio delle ultime tre basi della sonda. Dopo cinque cicli di sequenziamento la sequenza del frammento può essere dedotta.
Grazie al metodo del two-base calling il sistema SOLiD presenta un’accuratezza molto evelata (99,99%), che è per ora superiore a quella di tutti gli altri sistemi NGS disponibili. La lunghezza delle reads resta tuttavia un limite maggiore (si riescono ad ottenere reads della lunghezza massima di 85bp, mentre con Roche 454 si può arrivare fino a 700 bp). L’output è di 30 Gb a corsa. Una corsa necessita 7 giorni e genera un ammontare di dati pari a 4 TB. Il sistema di analisi informatica dei dati non è affatto semplice poiché richiede un’attrezzatura notevole (addirittura è necessario un locale con aria condizionata) e l’impego di personale qualificato. Il sistema operativo più comunemente usato per l’analisi computazionale dei dati SOLiD è GNU/LINUX.
Secondo quanto riportato da Liu L. 2012 (PIMD: 22829749), il prezzo di un sistema SOLiDv4 si aggira attorno ai 495.000 USD, mentre il costo delle analisi sarebbe di circa 15.000 USD ogni 100 Gb.
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