Anche se il cancro si sviluppa attraverso la proliferazione cellulare clonare, non tutte le cellule dello stesso tumore sono uguali e, in genere, in ogni tumore sono presenti diverse linee cellulari. Allo scopo di identificare le driver mutations è necessario fare una stima non soltanto della tumor purity, ma anche del numero di linee cellulari tumorali presenti nel campione. Vi sono tre modi per fare una stima della intratumor heterogeneity: (1) con un software (come ad esempio THetA: Tumor Heterogeneity Algorithm), (2) con un sequenziamento di seconda generazione ad elevata risoluzione, vale a dire facendo un'analisi di Next Generation Sequencing a coverage ultra elevato per determinare la percentuale delle diverse varianti genetiche presenti nel campione e distinguere così le mutazioni clonali (presenti fin dall'inizio della proliferazione tumorale) dalle mutazioni subclonali, cioè insorte più tardivamente solo in alcune linee cellulari. La terza via, più empirica e non sempre clinicamente praticabile, è rappresentata dal (3) sequenziamento di diverse biopsie prelevate in punti diversi dello stesso tumore.
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